棉籽蛋白生产废水中含有磷脂、蛋白质、糖类、游离脂肪酸等，同时废水悬浮物含量也很高，有毒物质少，可生化性良好。专家介绍，一种最新流行的水过滤设备—全自动过滤器可有效处理棉籽蛋白生产废水。
针对废水水质特征。采用全自动过滤器水处理工艺对其进行处理其效果。全自动过滤器通过利用滤网将水体中的悬浮物、颗粒物、菌藻等进行拦截，从而达到净化水源、改善水质。经全自动过滤器处理后的水质达到了国家规定的废水排放标准，有效的保护了环境。另外，经全自动过滤器处理后的水源可重复、循环利用有效的节省了水资源。
全自动过滤器克服传统过滤产品的纳污量小、易受污物堵塞、过滤部分需拆卸清洗且无法监控过滤器状态等众多缺点，具有对原水进行过滤并自动对滤芯进行清洗排污的功能，且清洗排污时系统不间断供水，可以监控过滤器的工作状态，自动化程度很高。
相信在全自动过滤器的治理下棉籽蛋白生产废水将会得到很好的处理及合理的利用。全自动过滤器具有出水水质稳定、运行费用低、占地面积小等特点。